La pathogenèse des défauts de formation transversaux est supposée être une perturbation de la structuration proximo-distale de la crête ectodermique apicale (CAA) au cours de la formation des membres. Il a été suggéré qu'il y avait une rupture de l'approvisionnement en sang de la crête ectodermique apicale à un stade précoce du développement. De manière anecdotique, les prélèvements de villosités choriales et les tentatives ratées d'interruption mécanique de grossesse ont été associés à des échecs de formation transversale et il a été suggéré que ces insultes mécaniques endommagent l'approvisionnement vasculaire de l'AER. L'ingestion illicite de misoprostol pour déclencher un avortement peut induire une atteinte vasculaire similaire et une anomalie des membres.
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