In den meisten Fällen ist dies unbekannt. Multifaktorielle Vererbung ist die am häufigsten festgestellte Ursache für schwere Fehlbildungen, gefolgt von monogenen und chromosomalen Störungen.
Chromosomenstörungen, Deletionen und Duplikationen von Autosomen sowie über 250 Einzelgenstörungen werden mit schweren angeborenen Fehlbildungen in Verbindung gebracht. Es ist wichtig, diese Erkrankungen zu erkennen, damit eine Familienberatung stattfinden kann.
Mütterliche Erkrankungen tragen zu etwa 3 % aller schweren angeborenen Fehlbildungen bei. Berühmt sind in diesem Zusammenhang der mütterliche Diabetes und insbesondere die Qualität seiner Einstellung, die Epilepsie und die Phenylketonurie.
Medikamente, Röntgenstrahlung und Alkohol tragen nur zu einem minimalen Anteil von 1 % zu schweren Fehlbildungen bei der Geburt bei.
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