Der Vererbungsmodus ist autosomal rezessiv.
Somatische Zellfusionsanalysen führten dazu, dass FA-Fälle (Fanconi-Anämie) in acht verschiedene Komplementationsgruppen eingeteilt wurden: FA-A, FA-B, FA-C, FA-D1, FA-D2, FA-E, FA-F und FA-G.
FA-A ist in den meisten Populationen der häufigste FA-Subtyp und macht etwa 65 % der Fälle aus; FA-C und FA-G machen jeweils etwa 10-15 % der Fälle aus, die übrigen Subtypen sind selten.
FA-Gruppe  | Gen  | Geschätzter Anteil FA-Patienten  | Chromosomale Lage  | 
FA-A  | FANCA  | 66%  | 16q24.3  | 
FA-B  | möglich BRCA2  | <1%  | |
FA-C  | FANCC  | 12%  | 9q22.3  | 
FA-D1  | BRCA2  | <1%  | 13q12  | 
FA-D2  | FANCD2  | <1%  | 3p25.3  | 
FA-E  | FANCE  | 4%  | 6p21.3  | 
FA-F  | FANCF  | 4%  | 11p15  | 
FA-G  | FANCG/XRCC9  | 12%  | 9p13  | 
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