Als Ursache der kongenitalen Syndaktylie wird ein Mangel an der normalen Apoptosewelle vermutet, die in den Wochen 4-8 des intrauterinen Lebens zwischen den Zehen stattfindet. Auslösende Faktoren können eine extrinsische Steroidexposition oder ein Mangel an Fibroblasten-Wachstumsfaktor-Rezeptoren sein.
Das Scheitern der Apoptose, die das mesenchymale Gewebe abtrennt, oder das Scheitern der Kerbenbildung im apikalen ektodermalen Kamm führt zur Syndaktylie.
Alternativ kann in einer Minderheit der Fälle ein intrauterines Amnionband den Raum zwischen den Zehen traumatisieren, und die anschließende Heilung führt zur Fusion zum Zeitpunkt der Geburt.
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